A politikai vita kirobbanása ellenére folytatták a berepülést, az MSN001 jelzésű prototípus újra a levegőbe emelkedett Spanyolországban, mégpedig január 7-én.
December 11-ei első, és 23-ai második repülése után múlt hét csütörtökön újra a levegőt hasította az A400M. Az első prototípus ezúttal 9 óra 20 percet töltött a levegőben Nacho Lombo kapitány és Michel Gagneux tesztpilóta vezetésével. Utóbbi a harmadik pilóta, aki repülhetett a típussal. Ezúttal a repülés alatt megfigyelőként (mint mérnök) már a fedélzeten tartózkodott Fernando Alonso (csak névrokona a ferraris Formula-1-es világbajnok autóversenyzőnek) is, aki a repülési tesztek alatt felel a gépért.
„Rendkívüli elégedettséggel töltött el a harmadik repülés. Jelentős előrehaladást értünk el, tovább vizsgáltuk a repülőgép viselkedését különböző, egyre jobban kiterjesztett repülési profiloknál, és rendkívül elégedettek vagyunk a látottakkal. A berepülési program jól halad, a (politikai) problémák ellenére folytatjuk a repüléseket, folytatjuk a kezelési, üzemeltetési jellemzők vizsgálatát, valamint a rendszerek adatainak értékelését.”
Várhatóan a közeljövőben felgyorsul a repülési program, persze ez nagy valószínűséggel függ a politikai viták végkimenetelétől is. Az első gépnek mindenesetre a 3700 órás berepülési programból 1200 repült órát szánnak, a többin a maradék négy prototípus osztozik majd, és ha minden jól megy 2012-ben szolgálatba állhat a típus.
