Némi álldogálás után megadatott az elsőnek legyártott hajófedélzeti példányok számára, hogy fiatalabb testvéreikhez hasonló avionikát kapjanak.
Megérkezett ugyanis a SIAe (a Francia Légierő karbantartással és javítással foglalkozó szervezete) Clermont-Ferrant közelében található üzemébe az első Rafale M, melyből 10 darabot korszerűsítenek F3-as változatúvá 300 millió euró ellenében. A 2000 és 2002 között átadott, M1-M10 jelzésű példányok még az F1 széria szerint készültek és csupán légvédelmi feladatokra voltak alkalmasak a Mica EM és Magic 2 rakétákkal. A gépek 2008-ban tartalékállományba kerültek és a Landivisiau-i haditengerészeti bázison várták sorsuk jobbra fordulását.
Végül 2009-ben megszavazták számukra a korszerűsítéshez szükséges összeget, az előkészítést követően pedig végre megkezdődhettek a munkálatok is, melyek gépenként 18 hónapot vesznek igénybe. A korszerűsítést követő integrációs folyamatokhoz a modernizált sárkányokat Bordeaux-Merignac-be szállítják majd.
A tervezett átadási számok:
– 2014: 2 darab
– 2015: 3 darab
– 2016: 4 darab
– 2017: 1 darab
A megújulást először az M10 jelzésű példány élvezheti, utoljára pedig az M1-es kerül sorra, melyet a hajófedélzeti és avionikai tesztekhez is használtak.